Celem Towarzystwa jest:
Pogłębianie wiedzy w zakresie nauk związanych z wadami wrodzonymi i chorobami mózgoczaszki i twarzoczaszki, w szczególności leczeniem chirurgicznym, rehabilitacją, terapią psychologiczną i logopedyczną oraz popieranie badań i prac naukowych w tym zakresie.
Propagowanie działań mających na celu opracowanie polskich wytycznych wielospecjalistycznego postępowania w zakresie leczenia wad i chorób twarzy i czaszki.
Podnoszenie wiedzy fachowej członków Towarzystwa.
Współpraca z Polską Akademią Nauk oraz innymi towarzystwami naukowymi krajowymi i zagranicznymi.
Współpraca z Izbami Lekarskimi, związkami zawodowymi i innymi organizacjami służby zdrowia w zakresie zadań związanych z leczeniem wad lub chorób twarzy i czaszki.